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En el año 1999 se presentó una querella ante la Audiencia Nacional contra los generales y mandatarios guatemaltecos Efraín Ríos Montt y Carlos Mejía Víctores por delitos de genocidio, torturas, terrorismo, asesinato y detención ilegal cometidos entre los 1978 y 1986, durante el conflicto armado en el que más de 250.000 víctimas perdieron la vida en ese país. El caso inicialmente encontró la oposición tanto de Fiscalía como de los jueces y tribunales españoles. Sin embargo, en el año 2005 el Tribunal Constitucional mediante una sentencia histórica reconoció de forma amplia el principio de jurisdicción universal, anulando las resoluciones de las instancias anteriores y ordenando a la Audiencia Nacional retomar la investigación.

El juez instructor ha dictado órdenes de busca y captura internacional de Ríos Montt y otros siete imputados. El juez no cuenta con la colaboración de las autoridades locales guatemaltecas, por el contrario, la Corte de Constitucionalidad de ese país dictó sentencia en 2007 desconociendo la competencia de los tribunales españoles y denegando las extradiciones a España. En consecuencia, el juez ha hecho un llamamiento en 2008 a todas aquellas personas que tuviera información en relación con los hechos investigados, continuando así con la instrucción, lo que le sirvió una querella criminal en Guatemala contra su persona. Hasta el momento, no se conoce ninguna acción del Gobierno español para exigir a las autoridades guatemaltecas el cumplimiento del Tratado de Extradición entre los dos países que permitiría el enjuiciamiento de los responsables en España.