
El 13 de noviembre de 2008 se presentó querella contra el que fuera Presidente de la República de El Salvador Alfredo Cristiani y otros 14 antiguos oficiales y soldados del ejército Salvadoreño por crímenes de lesa humanidad y terrorismo cometido por agentes estatales en lo que se conoce como la “Masacre de los Jesuitas” del 16 de noviembre de 1989. En esta masacre fueron asesinados sacerdotes Jesuitas de origen español y nacionalizados salvadoreños, incluido Ignacio Ellacuría.
El juez de instrucción admitió a trámite la querella en enero de 2009, ordenando practicar una serie de diligencias luego de las cuales resolvió denegar la admisión de la querella contra Cristiani al estimar que no se le había imputado participación en los hechos sino supuesto de encubrimiento, sin perjuicio del resultado de la investigación. El procedimiento sigue en curso contra todos los demás denunciados.