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El 25 de enero de 2008 se presentó una querella ante la Audiencia Nacional contra varios agentes de policía mexicanos y autoridades responsables por el delito de tortura en la modalidad de violencia sexual durante la represión de las protestas de una organización campesina en San Salvador Atenco, México, a principios de mayo de 2006. La denuncia fue interpuesta por una ciudadana española.  La Fiscalía se opuso a la admisión de la querella. Por su parte, las autoridades mexicanas informaron al l Juzgado Central de Instrucción que se encontraban abiertas causas en ese país por los hechos de San Salvador Atenco. Sin embargo, no informaron de las personas que estaban siendo investigadas, ni los delitos por los que se estaba investigando, y tampoco sobre la existencia de alguna investigación por lo ocurrido a la víctima española. Aún así, el Juzgado de Instrucción decidió denegar la admisión de la querella considerando que había quedado suficientemente demostrada la actividad efectiva del Estado territorial, en este caso, el Estado mexicano.

Se interpuso un recurso de amparo ante el Tribunal Constitucional para que resuelva sobre su admisibilidad y está aún pendiente de resolverse por este Tribunal. El operativo de mayo de 2006 en San Salvador Atenco, formado por más de 2.500 policías federales, estatales y municipales, resultó en la detención de más de 200 personas y centenares de denuncias de abusos, incluso de violencia sexual como forma de tortura contra más de 26 mujeres. Hasta la fecha, los responsables por los abusos no han sido llevados ante la justicia ni las víctimas han recibido reparaciones.